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生命之树最终生出Adam(亚当)和Lilith(莉莉丝)。
亚当的老巢存在于的南极地下准球体空洞中，被称为“白之月”。
40亿年前莉莉丝随一块陨石撞击地球，此为第一次冲击，导致生物大灭绝，太平洋一侧的地球物质被甩出，月球因此形成。
撞击坑就是“黑之月”，即莉莉丝之卵，在当今NERV总部位置，这个球体空间跟亚当的白之月是一致的。
亚当及其使徒是地球原住民，而且亚当有个爱好就是种田——播撒生命之种，他用生命之树的树根作为劳动工具，开山劈地，辛苦种田几亿年，地球终于从石头岩浆变得生机勃勃，他很有成就感。没想到被莉莉丝的天地大冲撞灭绝了他的小生命，小弟使徒也被冲击打回胚胎状态陷入沉睡，当然气得大暴走。
为争夺地球霸主地位，两者打得日月无光天地失色，亚当虽然战斗力强悍但早在莉莉丝的冲击中受了重伤，莉莉丝没有生命之果虽然弱了些，横渡星河也要靠月球这个大壳子保护自己，但胜在脑子聪明，力量运用更加灵活多变，好在亚当把生命之树的树根做成叉子当武器，挽回一点劣势，不然莉莉丝早趁他病要他命了。
两人势均力敌，最后两败俱伤，亚当回到白之月长睡不起，沉睡前对各位小弟说，你们将来觉醒后跟我合体再去翻本。莉莉丝也被打得羊水破裂LCL流满大地形成海洋，直到几亿年后NERV建好了还在继续流。
为了寻求再生，莉莉丝向整个LCL海洋散播了自己的智慧种子，地球海洋再次充满生命。源自智慧之果的催化因子能够引导生物的进化方向，朝着智慧种族发展。
几亿年后，由古猿进化而来的智人出现了，其中最强的一支干掉了其他品种的智人同类，脚印迅速遍及全球。他们打破了亚当遵循的“物竞天择适者生存“的进化原则，贯彻了自己坚持的“智者生存”的概念，通过对工具的运用，获得了远胜于亚当制造的生命的竞争能力，并最终统治了地球。
持续通过LCL散播智慧，令莉莉丝也失去了全部能量，陷入了沉睡。
而得到了智慧的原始人类，则偶尔能从基因记忆里，得到一点点莉莉丝遗留的指点。这些指点，被人类先贤发掘、拼凑、整理出来，形成个各种散碎的神话传说。
其中，比较完整流传下来的记载就是《死海文书》，里面详细记载并预言了使徒的起源和觉醒，以及“人类补完计划”，就是全人类化为LCL灵魂回归莉莉丝之卵，本质是莉莉丝收回力量的过程，却被极端宗教组织SEELE称为洗去原罪，获得救赎的过程。
SEELE在德语中是“灵魂”的意思，经常被称为“魂之座”。SEELE的高级成员一般并不直接露面，都是以声音（Sound_Only）的形式出现的，其数目加上人类补完委员会的成员共计12名，中心人物是基路·洛伦兹议长。本部所在位置不明。SEELE和NERV的关系，就是灵魂与神经，适格者与插入栓的关系。这个极端宗教组织神秘并有很大权利，能调用世界上很多资金，甚至可以干涉联合国事务，手中有《死海文书》，背后操纵整个人类。最终目的是实施“人类补完计划”，其核心理念是“自我赎罪”。
SEELE认为现在的人类是罪恶的，让人类都变橙汁(LCL之海，是一个没有AT力场的世界。在这个世界，人类的意识无分彼此，所有人的灵魂都栖息于由莉莉斯的羊... -->>
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